RSIA Sitti Khadidjah awalnya yaitu pada tahun 1970 masih merupakan klinik ibu dan anak yang menempati gedung asrama putri muhammadiyah .

Pada tahun 1972 oleh Pimpinan Muhammadiyah dan Aisyiyah dan di sponsori oleh seorang dokter ahli kebidanan yaitu dr. Asnawi, klinik tersebut dijadikan Rumah Bersalin Sitti Khadidjah melalui surat keputusan Gubernur Sulawesi Utara No.235 a/KPTS/1972.

Pada bulan September tahun 2007 Rumah Bersalin Sitti Khadidjah dikembangkan menjadi  Rumah Sakit Ibu dan Anak Sitti Khadidjah melalui Surat keputusan Kepala Dinas Kesehatan Propinsi Gorontalo No. 800/Dikes/3105/IX/2007 tanggal 26 September 2007 yang sudah dilengkapi dengan ruangan anak, sebuah Laboratorium dan sebuah Apotik.

Pada bulan Nopember 2009 bangunan RSIA Sitti Khadidjah di bongkar total dan dibangun gedung baru berstruktur 3 lantai permanen.

Pada bulan Februari 2012 gedung baru RSIA Sitti Khadidjah mulai di manfaatkan walaupun fasilitas belum lengkap.

Sejak berdirinya Rumah Bersalin Sitti Khadidjah Kota Gorontalo sampai sekarang sudah menjadi RSIA Sitti Khadidjah pengelolanya telah beberapa kali mengalami perubahan kepemimpinan sebagai berikut:

1. Asnawi Kumali           (Data Hilang)
2. Boekoesoe           (Data Hilang)
3. M.D Ilahude           (Data Hilang)
4. A.L Hiola           (Data Hilang)
5. Yuslan Edy Pedianto,Sp.OG (Data Hilang)
6. Teuku Mirza,Sp.OG           (Data Hilang)
7. H. Elson Djakaria, Sp.OG (Tahun 1998)
8. Hj. Sartiman M.Kohongia           (Tanggal 01-08-2007)
9. H. Elson Djakaria, Sp.OG (Tanggal 31-10-2015)